一、依據管制藥品管理條例第27條規定：管制藥品減損時，管制藥品管理人應立即報請當地衛生主管機關查核，並自減損之日起7日內，將減損藥品品量，檢同當地衛生主管機關證明文件，向衛生福利部食品藥物管理署申報。其全部或一部經查獲時，亦同。前項管制藥品減損涉及遺失或失竊等刑事案件，應提出向當地警察機關報案之證明文件。同條例施行 細則第23條規定，管制藥品之減損涉及本條例第27條第2項 所定遺失或失竊等刑事案件時，應保留現場，立即向當地警察機關報案，並取得報案之證明文件。
二、機構業者取得當地衛生主管機關所核發管制藥品減損證明後，務須依限辦理下列事項：
(一)應檢具機構/業者之減損說明、當地衛生主管機關所核發管制藥品減損證明影本、減損前後登錄之簿冊影本及相關文件資料等，函送衛生福利部食品藥物管理署。
1.倘為失竊、強盜、詐欺等刑事案件，須併附減損事實發生地警察機關核發之報案「書函」影本。
2.倘為遺失案件，須併附減損事實發生地警察機關核發之「受(處)理案件證明單」影本。
(二)減損品項數量，應於定期申報時，列為支出項目，申報其收支結存情形。
三、檢附管制藥品減損申報文件查檢表。