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本局設下列各科，分別掌理下列事項：
一、疾病管制科：傳染病防治、外籍勞工健康管理、愛滋病及性病防治、結核病防治、預防接種及營業衛生管理等事項。
二、心理衛生企劃科：衛生企劃、研考、資訊、法制、為民服務、衛生所管理、酒癮戒治、心理健康營造、自殺防治、精神衛生、特殊族群處遇及其他不屬各科業務等事項。
三、醫政科：醫政、醫療機構及醫事人員管理、長期照護機構管理、緊急醫療救護、醫療品質管制、醫事爭議調處、身心障礙者鑑定及全民健康保險等事項。
四、藥政及毒品防制科：藥事機構及藥事人員管理、藥物、化妝品管理、藥癮戒治、菸害防制及毒品危害防制等事項。
五、保健科：婦幼健康、兒童與青少年健康、中老年健康、職場健康、癌症防治、社區健康、高齡友善業務及衛生教育等事項。
六、檢驗科：公共衛生檢驗及衛生所檢驗管理等事項。
七、食品衛生科：食品安全衛生管理、 健康食品管理及加水站衛生管理等事項。
八、長期照護科：長期照護方案之執行、發展長期照護服務、長期照護人力培訓、長期照護評估與鑑定、外籍監護工申請審核、失能失智之防治等事項。
九、行政科：文書、檔案、印信、庶務、採購、財產管理、出納及其他不屬各科、室庶務性業務等事項。
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