第一條	本規程依雲林縣政府組織自治條例第十條規定訂定之。
第二條	雲林縣衛生局（以下簡稱本局），依法掌理雲林縣衛生管理事項。
第三條	本局置局長一人，承縣長之命，綜理局務，並指揮、監督所屬員工及機關。置副局長一人，襄助局長處理局務。前項局長或副局長其中一人，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。
第四條	本局設下列各科，分別掌理下列事項：一、疾病管制科：傳染病防治、外籍勞工健康管理、愛滋病及性病防治、結核病防治、預防接種及營業衛生管理等事項。二、心理衛生企劃科：衛生企劃、研考、資訊、法制、為民服務、衛生所管理、酒癮戒治、心理健康營造、自殺防治、精神衛生、特殊族群處遇及其他不屬各科業務等事項。三、醫政科：醫政、醫療機構及醫事人員管理、長期照護機構管理、緊急醫療救護、醫療品質管制、醫事爭議調處、身心障礙者鑑定及全民健康保險等事項。四、藥政及毒品防制科：藥事機構及藥事人員管理、藥物、化妝品管理、藥癮戒治、菸害防制及毒品危害防制等事項。五、保健科：婦幼健康、兒童與青少年健康、中老年健康、職場健康、癌症防治、社區健康、高齡友善業務及衛生教育等事項。六、檢驗科：公共衛生檢驗及衛生所檢驗管理等事項。七、食品衛生科：食品安全衛生管理、健康食品管理及加水站衛生管理等事項。八、長期照護科：長期照護方案之執行、發展長期照護服務、長期照護人力培訓、長期照護評估與鑑定、外籍監護工申請審核、失能失智之防治等事項。九、行政科：文書、檔案、印信、庶務、採購、財產管理、出納及其他不屬各科、室庶務性業務等事項。
第五條	本局置技正、科長、社會工作師、衛生教育指導員、技士、衛生稽查員、科員、技佐、辦事員、書記。前項主管疾病管制、心理衛生、醫政、藥政、毒品防制或藥物濫用防制、保健（健康促進）、檢驗、長期照護業務之科長其中五人，必要時得依醫事人員人事條例規定，由師（二）級之相關醫事人員擔任。第一項技正及技士員額總數十五分之ㄧ以下，必要時得依醫事人員人事條例規定，技士由師（三）級之相關醫事人員擔任，但員額不足一人時，得以一人計。
第六條	本局設人事室，置主任、科員、助理員，依法辦理人事管理事項。
第七條	本局設會計室，置主任、科員、佐理員，依法辦理歲計、會計及統計事項。
第八條	本局設政風室，置主任、科員、助理員，依法辦理政風事項。
第九條	本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
第十條	本局下設各鄉（鎮、市）衛生所，並得視需要設立有關衛生醫療機構，其組織規程另定之。
第十一條	局長請假或因故不能執行職務時，由副局長代行，副局長同時因故不能代行由技正代行，技正同時因故不能代行時，依第四條所列單位主管順序代行之。
第十二條	本局分層負責明細表，由本局擬訂，報請雲林縣政府核定。本局所屬機關分層負責明細表，由所屬機關擬訂，報本局核定之。
第十三條	本規程自中華民國九十七年三月三十日施行。本規程修正條文自發布日施行。本規程中華民國一百零八年十二月十八日修正條文，自一百零八年十二月二十五日施行。