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本局於民國三十八年本省行政區域劃分時,由台南劃分成立雲林縣衛生院,旋於民國五十一年奉令改制為雲林縣衛生局,目前局內設有12科室,所轄有縣立慢性病防治所暨二十個鄉鎮市衛生所[其中二崙等十個鄉鎮衛生所附設群體醫療中心]及十個衛生室,本局編制員額六十人,衛生所二百三十人。