本局於民國三十八年台灣省行政區域劃分時，由台南劃分成立雲林縣衛生院，旋於民國五十一年奉令改制為雲林縣衛生局，目前局內設有12科室，所轄有二十個鄉鎮市衛生所[其中西螺等十個鄉鎮衛生所附設群體醫療中心]及八個衛生室，本局編制員額七十二人，衛生所二百四十四人。