自國內本土疫情爆發以來，很多鄉親關心COVID-19兒童確診者照護，本縣衛生局也請臺大醫院雲林分院與若瑟醫院建立兒科COVID-19綠色通道服務，並於5月10日就啟動上路，提供兒童專用候診分流動線、由兒科專科醫師看(會)診、並提供學齡前兒童相關評估、採檢與診療服務。另為因應本縣兒科醫療資源不足，衛生局也媒合6家責任醫院共同推出兒科COVID KIDs-NET-六星共照服務，包括「建立急重症兒科遠距會診機制」及「加強兒科病患分流收治」，由兒科量能較充足的臺大醫院雲林分院提供友院COVID-19兒科遠距照會，當本縣其他醫院急診醫師值班時遇到兒童患者，當下若不熟悉兒童疾病、或難以判斷是否需要轉院，就可以與台大兒科團隊視訊，減少輕症轉診、強化重症轉院，避免資源浪費，也讓家長安心。
為了避免兒童患者湧入單一責任醫院，加強各醫院共同分擔兒科病患，原則分成4類兒童病患分流收治：(1). 確診重症兒童，優先收治於臺大醫院雲林分院。(2). <1歲兒童，收治於臺大醫院雲林分院、若瑟醫院。(3). 1-12歲兒童，經視訊會診評估後有住院治療之輕症者，由各醫院協助收治。(4). 12-18歲兒童，優先收治成大醫院斗六分院、雲基醫院、中國醫大北港附醫及雲林長庚醫院。
國內Omicron兒童感染個案持續成長，兒童急性腦炎、MIS-C、哮吼等兒童重症數仍在上升，特別是不滿5歲的孩童，目前尚為沒有疫苗保護的族群。提醒鄉親，如觀察到兒童出現下述症狀，也就是「兒童腦炎重症前驅症狀」：體溫大於41度、意識不佳、持續昏睡、持續頭痛、持續嘔吐、肌躍型抽搐、抽搐、步態不穩，務必立即就醫評估。
統計至6/21，本縣本土COVID-19盛行率為8.32%，疫情尚在高原期，請鄉親勿掉以輕心，應持續配合並落實各項防疫措施，勤洗手、戴口罩、打疫苗、保持社交距離。
統計5/2至6/21，本縣6-11歲第1劑兒童莫德納疫苗累計已完成10,764人接種（醫療院所接種7,094人、校園接種3,670人），第2劑累計已完成625人接種（醫療院所接種525人、校園接種100人），目前無接種疫苗後不良反應通報。
統計5/25至6/21，本縣5-11歲BNT兒童疫苗累計已完成19,823人接種（醫療院所接種7,388人、校園接種12,435人），目前無接種疫苗後不良反應通報。
近日有家長提問，如果家中小孩COVID-19疫苗第一劑於11歲接種（即將滿12歲），接種第二劑時恰巧滿12歲之接種劑型及間隔建議?滿12歲學童須依仿單建議劑量接種，如莫德納疫苗需接種0.5ml，BNT疫苗需以成人劑型接種0.3ml。另接種間隔考量COVID-19社區流行疫情，如有意願可於間隔4-8週接種第二劑。
兒童、青少年新冠疫苗各廠牌接種間隔說明詳如附圖
完整接種COVID-19疫苗，可有效降低感染後重症、死亡的風險。有意接種的鄉親，請持健保卡、疫苗接種紀錄卡（黃卡）前往本縣COVID-19疫苗合約醫療院所接種，相關接種服務資訊可上網至本縣衛生局網站→新冠肺炎專區→疫苗地圖（網址：https://ylshb.yunlin.gov.tw/cp.aspx?n=14224）查詢。
本縣疫情分析：
本縣今日新增1528例本土個案，分別為707位男性與821位女性，年齡分布在未滿1歲-100歲，無症狀1273人，輕症255人（以咳嗽、喉嚨痛、發燒為主要症狀）。
本縣111年1月1日統計至今（6/22），本土累計確診數共54,550例，其中累計114例死亡。綜觀今年本土個案中，其中比例最多的年齡區間為30-39歲共8,968人，佔比約為16.4％；次多的年齡區間為40-49歲共8,592人，佔比約為15.8％；另65歲以上長者共7,475人，占比約為13.7％；0－12歲本縣兒童確診個案數分析如下，國小6－12歲共4,526人，約佔8.3％；學齡前3－6歲共1,923人，約佔3.5％；小於3歲共1,542人，約佔2.8％。本縣今日新增3例死亡確診個案，分別是1位男性與2位女性，年齡介於80至90多歲間，分別有癌症、高血壓、糖尿病、心血管疾病等慢性病史，其中2位已完整接種COVID-19疫苗，另1位未曾接種疫苗，死亡日期介於6/17至6/18。（6/22疾管署判定公告）
截至6/22，本縣接觸者居家隔離追蹤中有1,438人，確診者輕症居家照護在管中有8,527人，醫療關懷諮詢累計已服務268,408人次，健康益友APP遠距看診註冊有10,091 人，運用健康益友APP視訊診療人數共有153人。社團法人雲林縣藥師公會和社區藥局自4月25日至6月21日，持續提供居家照護送藥到府服務，並進行用藥指導，共計已服務2,010件。