為因應COVID-19疫情，109年1月20日我國成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」，該中心於同年2月即陸續發布致醫界通函和相關指引，請醫院規劃病人分流分艙收治，安排固定團隊分區照護、避免醫護人員跨區服務，並將不同任務醫護的休息空間盡可能區隔，以降低院內群聚感染風險。
衞生局將持續督導本轄各醫院嚴格遵守感染管制原則，並落實執行疾病管制署「分艙分流」及「分區照護」規定，以杜絕院內感染。
本縣疫情分析：
本縣今日新增472例本土確診個案，分別為243位男性與229位女性，年齡分布在未滿1歲-95歲，無症狀434人，輕症以咳嗽、喉嚨痛、流鼻水、發燒為主要症狀。
本縣111年1月1日統計至今（7/31），本土累計確診數共85,050例，其中累計262例死亡。綜觀今年本土個案中，其中比例最多的年齡區間為30-39歲共13,656人，佔比約為16.1％；次多為40-49歲共13,572人，佔比約為16％；另65歲以上長者共12,149人，占比約為14.3％；0－12歲本縣兒童確診個案數分析如下，國小6－12歲共7,118人，約佔8.4％；學齡前3－未滿6歲共3,280人，約佔3.9％；小於3歲共2,595人，約佔3.1％。
本縣今日新增3例死亡確診個案，3位皆為女性，年齡介於80至90多歲間，分別有高血壓、糖尿病、腦中風、失智、慢性腎病、心臟相關疾病等慢性病史，其中1位已完整接種COVID-19疫苗，另2位未曾接種疫苗，死亡日期介於7/26至7/27。（7/31疾管署判定公告）
本縣接觸者居家隔離尚在追蹤中有451人，確診者輕症居家照護在管中有3,018人，醫療關懷諮詢累計已服務444,513人次。社團法人雲林縣藥師公會和社區藥局自4月25日至7月30日，持續提供居家照護送藥到府服務，並進行用藥指導，共計已服務3,767件。
雲林縣滿6個月至5歲（未滿6歲）幼童莫德納 COVID-19疫苗自7/22開打以來，已接種2,044人，接種完成率為9.7%。衛生局提醒，中央已開放6個月以上至5歲（未滿6歲）的幼童接種第1劑疫苗、5歲以上至未滿12歲的孩童接種第2劑疫苗、12歲以上至17歲的青少年接種第3劑疫苗、50歲以上的成人以及特殊對象（如：因工作要出國的鄉親）可接種第4劑疫苗，鄉親只要符合接種條件，請儘快完整接種疫苗，鄉親可向本縣COVID-19疫苗合約院所預約接種，依照約定時間並攜帶健保卡、疫苗接種紀錄卡（黃卡）前往，相關接種服務資訊可上網至本縣衛生局網站→新冠肺炎專區→疫苗地圖（網址：https://ylshb.yunlin.gov.tw/News.aspx?n=15251&sms=18466）查詢。