依據中央流行疫情指揮中心公布資料顯示，近幾週國內本土確定病例數持續增加，今年第37週（286,928例）較第36週（237,484例）增加20.8％。截至9/19國內累計430例BA.5、4例BA.4、2,452例BA.2本土確定病例，尚無BA.2.75本土確定病例。
日前指揮中心說明，世界衛生組織（WHO）於9月14日公布資料指出，BA.5變異株現為全球主流株，佔比約為90%，BA.4變異株佔比約為6%，迄今至少121個國家通報 BA.5變異株感染病例，已於歐、美及亞太多國廣泛傳播，並造成確診病例、住院及重症數增加；依現有研究顯示，接種追加劑疫苗對BA.5變異株仍具保護力，且為預防住院、重症及死亡之有效方式，呼籲符合條件鄉親儘速完成接種疫苗。
衛生局說明COVID-19疫苗接種對象與劑次如下，「滿6個月至5歲（未滿6歲）幼兒」可接種基礎劑、「滿5歲至11歲兒童」可接種第2劑疫苗、「滿12歲至17歲的青少年」及「滿18歲以上成人」可接種追加劑（第3劑）疫苗、「50歲以上成人以及特定對象（如：長照機構住民、18歲以上免疫力低下、18歲以上因工作要出國）」可接種第二次追加劑（第4劑）疫苗，呼籲年齡滿6個月以上尚未接種COVID-19疫苗之鄉親儘速完成建議接種劑次。
有關莫德納次世代雙價疫苗，中央現階段僅提供「65歲以上長者、長照機構住民、18歲以上免疫不全及免疫力低下者」作為追加劑使用；而Novavax疫苗原僅提供「滿18歲以上成人」接種使用，現在亦開放提供「滿12歲至17歲青少年」接種基礎劑、基礎加強劑及追加劑使用。
衛生局提醒，本縣共有「校園集中接種」、「安心接種巡迴專車」及「COVID-19疫苗合約醫療院所」提供鄉親多元接種服務，請鄉親多加利用。本縣轄內「COVID-19疫苗合約醫療院所」，除平日提供接種服務外，部分診所也提供夜診及假日接種，鄉親可先向COVID-19疫苗合約醫療院所預約接種，再依約定時間並攜帶健保卡、疫苗接種紀錄卡（黃卡）前往，相關接種服務資訊可上網至雲林縣衛生局網站→新冠肺炎專區→疫苗地圖（網址：https://ylshb.yunlin.gov.tw/News.aspx?n=15251&sms=18466）查詢。
本縣疫情分析：
本縣今日新增922例本土確診個案，分別為432位男性與490位女性，年齡分布在未滿1歲-90歲，無症狀803人，輕症以咳嗽、喉嚨痛、流鼻水、發燒為主要症狀。
本縣111年1月1日統計至今（9/21），本土累計確診數共116,183例，其中累計333例死亡。綜觀今年本土個案中，其中比例最多的年齡區間為40-49歲共18,491人，比例約為15.92％；次多為30-39歲共18,350人，比例約為15.79％；另65歲以上長者共16,131人，比例約為13.9％。
本縣今日新增2例死亡確診個案，分別為1位男性與1位女性，年齡介於70至90多歲間，分別有高血壓、高血脂、糖尿病、心臟病、腎臟病等慢性病史，其中1位已接種2劑COVID-19疫苗，另1位未曾接種疫苗，死亡日期皆為9/11。（9/21疾管署判定公告）。
本縣接觸者居家隔離尚在追蹤中有941人，確診者輕症居家照護在管中有4,277人，醫療關懷諮詢累計已服務591,349人次。社團法人雲林縣藥師公會和社區藥局自4月25日至9月20日，持續提供居家照護送藥到府服務，並進行用藥指導，共計已服務4,484件。
衛生局呼籲，請鄉親千萬不要防疫疲乏，仍要持續遵守政府各項防疫措施，並維持個人衛生好習慣，勤洗手、戴口罩、完整接種疫苗、保持社交距離，減少不必要移動、活動或集會，避免出入人多擁擠場所或高感染傳播風險場域，出入公共場域落實手部消毒、體溫量測等相關措施，下載並使用「臺灣社交距離APP」，一起守護鄉親健康。