配合中央政策，本縣今年度公費流感疫苗分兩階段開打，第一階段自10月1日起開打，對象包括「醫事及衛生防疫相關人員、65歲以上長者、安養、養護、長期照顧(服務)等機構之受照顧者及所屬工作人員、滿6個月以上至國小入學前幼兒、孕婦、具有潛在疾病之高風險慢性病人、BMI≧30者與罕見疾病及重大傷病患者、國小至高中(職)/五專一至三年級學生、6個月內嬰兒之父母、幼兒園托育人員及托育機構專業人員、禽畜業及動物防疫相關人員等11類對象」；第二階段於11月1日開打，對象為「50至64歲無高風險慢性病成人」。請符合公費接種資格的鄉親儘速預約接種，且亦可與COVID-19疫苗同時接種。
公費流感疫苗開打期間，本縣COVID-19疫苗接種作業持續進行，依據衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）專家建議，流感疫苗與COVID-19疫苗，可以同時接種，鄉親可依選擇同時或間隔一段時間接種。同時接種流感疫苗與COVID-19疫苗之接種部位，考量臨床接種實務之可行性與參考世界衛生組織（WHO）指引，建議接種於不同肢體。另有關曾感染過COVID-19的鄉親，如已結束居家隔離/居家檢疫/加強自主健康管理/自主健康管理/自主防疫且已痊癒，並無其他接種禁忌症者，經由醫師評估後可接種流感疫苗。
中央流行疫情指揮中心指出，目前國內流感疫情仍處低點，惟近期全國類流感門急診總就診人次有上升趨勢，且依國外疫情顯示本年度流感疫情可能升溫，建議鄉親踴躍前往接種，以於流感疫情達高峰前獲得足夠保護力。另為防範流感及COVID-19疫情雙重衝擊，鄉親除接種疫苗，應維持良好衛生習慣，出現類流感症狀儘速戴口罩就醫，並在家休息，減少病毒傳播機會。
衛生局提醒符合公費流感疫苗接種資格的鄉親，可先透過本縣衛生局衛生局網頁→重點工作→疾病管制專區→流感及肺鏈疫苗專區（網址：https://ylshb.yunlin.gov.tw/News_Content.aspx?n=5478&s=393324），查詢鄰近合約院所，再電洽醫療院所預約，前往接種時應攜帶健保卡及相關證明文件（如兒童健康手冊、孕婦健康手冊等）。
另各年齡層符合COVID-19疫苗接種資格而尚未接種之鄉親，請儘速完成建議接種劑次。本縣轄內「COVID-19疫苗合約醫療院所」，除平日提供接種服務外，部分診所也提供夜診及假日接種，鄉親可先向COVID-19疫苗合約醫療院所預約接種，再依約定時間並攜帶健保卡、疫苗接種紀錄卡（黃卡）前往，並佩戴口罩、適度保持社交安全距離及執行手部衛生等措施，相關接種服務資訊可上網至雲林縣衛生局網站→新冠肺炎專區→疫苗地圖（網址：https://ylshb.yunlin.gov.tw/News.aspx?n=15251&sms=18466）查詢。
本縣疫情分析：
本縣今日新增1123例本土確診個案，分別為554位男性與569位女性，年齡分布在未滿1歲-94歲，無症狀1001人，輕症以咳嗽、喉嚨痛、流鼻水、發燒為主要症狀。
本縣111年1月1日統計至今（10/5），本土累計確診數共128,598例，其中累計348例死亡。綜觀今年本土個案中，其中比例最多的年齡區間為40-49歲共20,323人，比例約為15.80％；次多為30-39歲共20,037人，比例約為15.58％；另65歲以上長者共17,793人，比例約為13.8％。
本縣今日新增1例死亡確診個案，70多歲男性於9/26死亡，患有高血壓、高血脂、糖尿病、中風等慢性病史，未曾接種COVID-19疫苗。（10/5疾管署判定公告）。
本縣接觸者居家隔離尚在追蹤中有1,041人，確診者輕症居家照護在管中有4,830人，醫療關懷諮詢累計已服務647,057人次。社團法人雲林縣藥師公會和社區藥局自4月25日至10月4日，持續提供居家照護送藥到府服務，並進行用藥指導，共計已服務4,781件。
衛生局呼籲，請鄉親千萬不要防疫疲乏，仍要持續遵守政府各項防疫措施，並維持個人衛生好習慣，勤洗手、戴口罩、完整接種疫苗、保持社交距離，減少不必要移動、活動或集會，避免出入人多擁擠場所或高感染傳播風險場域，出入公共場域落實手部消毒、體溫量測等相關措施，下載並使用「臺灣社交距離APP」，一起守護鄉親健康。