雲林縣COVID-19疫苗第一劑5歲以上人口涵蓋率91.28%，全人口完成第一劑疫苗接種率88.5%，高於全國的87.2%；完成第二劑疫苗接種率79.9%，高於全國的79.1%；完成追加劑疫苗接種率65.8%，略低於全國的66.6%，提醒鄉親盡快接種疫苗，提升整體保護力。疫苗「打好打滿」，有助降低重症與死亡風險。
除了疫苗接種外，加速新冠口服抗病毒藥物開立也是避免重症關鍵之一。Paxlovid雖在大幅降低新冠患者重症或死亡風險上有9成效果，但藥物交互作用也多，有慢性疾病的高風險患者無法減量使用、也不能咬碎或磨粉，否則藥物濃度會不足；Molnupiravir則幾乎沒有交互作用、可磨粉使用，對於洗腎、長照機構等不方便吞嚥的族群來說較適用。
雲林縣口服抗病毒藥物Molnupiravir配置點目前為6大責任醫院及信安醫院，依中央規定將擴大領用佈點，配送以住宿型長照機構、洗腎中心主責醫療院所為主，用藥時可以管灌方式服用，適合在長照機構發生群聚感染時使用。目前死亡個案數中有57.1%是長照機構住民，要降低死亡風險，唯有「及時連結醫療」，盡快投藥，衛生局已請負責長照機構的醫師，依照指引快篩陽性就給藥，降低個案轉為中重症風險。
有關中央宣布「住宿型機構6月中旬至7月底定期公費快篩」，衛生局提醒，屆時快篩試劑將由中央直接配送到住宿式機構，為及早阻斷傳播風險，請住民每週定期快篩2次（2到18歲則每週1次；未滿2歲者有症狀免篩而採PCR），工作人員則每週定期快篩至少1次，而有症狀時仍需進行快篩，一旦篩出陽性個案，立即由專責醫療院所視訊診療並投藥，如果住民及工作人員已經確診，則3個月內免篩檢。
統計5/2至6/19，本縣6-11歲第1劑兒童莫德納疫苗累計已完成10,762人接種（醫療院所接種7,092人、校園接種3,670人），第2劑累計已完成352人接種（全為醫療院所接種），目前無接種疫苗後不良反應通報。
統計5/25至6/19，本縣5-11歲BNT兒童疫苗累計已完成19,798人接種（醫療院所接種7,363人、校園接種12,435人），目前無接種疫苗後不良反應通報，兒童（莫德納與BNT）COVID-19疫苗總計接種30,912人。
完整接種COVID-19疫苗，可有效降低感染後重症、死亡的風險。有意接種的鄉親，請持健保卡、疫苗接種紀錄卡（黃卡）前往本縣COVID-19疫苗合約醫療院所接種，相關接種服務資訊可上網至本縣衛生局網站→新冠肺炎專區→疫苗地圖（網址： https://ylshb.yunlin.gov.tw/cp.aspx?n=14224 ）查詢。
本縣疫情分析：
本縣今日新增1019例本土個案，分別為438位男性與581位女性，年齡分布在未滿1歲-99歲，無症狀849人，輕症170人（以咳嗽、喉嚨痛、發燒為主要症狀）。
本縣111年1月1日統計至今（6/20），本土累計確診數共51,260例，其中累計105例死亡。綜觀今年本土個案中，其中比例最多的年齡區間為30-39歲共8,455人，佔比約為16.5％；次多的年齡區間為40-49歲共8,072人，佔比約為15.7％；另65歲以上長者共6,963人，占比約為13.6％；0－12歲本縣兒童確診個案數分析如下，國小6－12歲共4,290人，約佔8.4％；學齡前3－6歲共1,827人，約佔3.6％；小於3歲共1,445人，約佔2.8％。本縣今日新增4例死亡確診個案皆為女性，年齡介於40至90多歲間，有高血壓、糖尿病、慢性支氣管炎、慢性腎病、中風、失智等慢性病史，其中1位已完整接種COVID-19疫苗，另2位已接種1劑疫苗，其餘1位未曾接種疫苗，死亡日期介於6/15至6/16。（6/20疾管署判定公告）
截至6/20，本縣接觸者居家隔離追蹤中有1,347人，確診者輕症居家照護在管中有8,329人，醫療關懷諮詢累計已服務235,697人次，健康益友APP遠距看診註冊有9,840 人，運用健康益友APP視訊診療人數共有153人。社團法人雲林縣藥師公會和社區藥局自4月25日至6月19日，持續提供居家照護送藥到府服務，並進行用藥指導，共計已服務1,530件。